8月3日（木）、サッカートーナメント各ブロックによる大会第2日目の競技が行われた。
競技結果は以下の通り。
平成18年度全国高等学校総合体育大会サッカー競技大会
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8月3日（木）大会第2日目の試合結果
國學院久我山○2-0 武相
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前半：0-0
後半：2-0
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國學：萩原（56分）小幡（67分）
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高槻市立総合スポーツセンター陸上競技場
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大分情報科学○3-3 浜名
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前半：1-0
後半：2-3
PK：5-4
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大分：安東（33分）財津（36分､43分）
浜名：佐藤将（55分）市野（69分）松浦（69分）
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高槻市立総合スポーツセンター青少年広場
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桐蔭学園 0-4○市立船橋
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前半：0-2
後半：0-2
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船橋：北島（20分､28分）森川（44分）福井（45分）
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高槻市立萩谷総合公園サッカー場
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関大一高○4-2 明徳義塾
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前半：3-1
後半：1-1
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関大：辻村（6分､27分）小松（16分）奥田（44分）
明徳：西地（8分､65分）
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万博記念競技場
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高松商業 0-2○那覇西
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前半：0-0
後半：0-2
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那覇：國場（38分）内嶺（47分）
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万博球技場ガンバ大阪第一グラウンド
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日章学園○3-0 水戸葵陵
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日章：2-0
水戸：1-0
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日章：黒木（9分）永友（13分､39分）
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セレッソ大阪舞洲グラウンド
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青森山田○4-1 大宮東
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前半：0-1
後半：4-0
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青森：板倉（39分､61分）岩崎（43分）川西（69分）
大宮：滝田（13分）
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鶴見緑地球技場
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岐阜工業○2-0 松山北
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前半：2-0
後半：0-0
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岐阜：細野（6分）益山（9分）
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堺市立金岡公園陸上競技場
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富山第一 0-1○金光大阪
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前半：0-1
後半：0-0
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金光：金沢（26分）
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高槻市立総合スポーツセンター陸上競技場
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帯広北 1-2○韮崎
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帯広：0-1
韮崎：1-1
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帯広：高瀬（49分）
韮崎：大森（25分）深沢（69分）
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高槻市立総合スポーツセンター青少年広場
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丸岡 0-1○初芝橋本
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前半：0-0
後半：0-1
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初芝：小西（44分）
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高槻市立萩谷総合公園サッカー場
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盛岡商業○1-1 松陽
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前半：0-1
後半：1-0
PK：3-0
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盛岡：成田（67分）
松陽：高田（8分）
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万博記念競技場
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帝京○3-0 四日市中央工
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前半：1-0
後半：2-0
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帝京：浦田（29分）相原（35分）新（57分）
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万博球技場ガンバ大阪第一グラウンド
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真岡○3-0 神戸科学技術
前半：0-0
後半：3-0
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真岡：諸隅（45分）増渕（46分）高橋（52分）
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セレッソ大阪舞洲グラウンド
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東海大五○2-1 作陽
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前半：1-0
後半：1-1
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東海：當間（13分）松井（41分）
作陽：酒井（61分）
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鶴見緑地球技場
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広島観音○2-0 上田
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前半：1-0
後半：1-0
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広島：古川（26分）万徳（69分）
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堺市立金岡公園陸上競技場